Aposentou-se da diretoria em 2001 e foi suspenso por um ano, retornando por duas temporadas ao Corinthians até que bets prime apostas 4️⃣ nova diretoria decidiu dispensá-lo após seu caso com o Corinthians, alegando motivos que não envolviam o futebol profissional.
Retornou ao Palmeiras 4️⃣ na reta final do Campeonato Paulista de 2001, onde foi titular, mas o Palmeiras acabou rebaixado logo depois.
Em junho de 4️⃣ 2002, Nilson anunciou que se aposentaria depois de 4 anos e não estaria relacionado ao clube durante
o ano em que 4️⃣ passou no Corinthians.
Em setembro de 2008, Nilson foi convocado para o elenco Sub-15 e foi titular de todas as partidas 4️⃣ do Campeonato Paulista Sub-20 em 2010.
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